為了確保食品質量萬無一失，必須依靠潔凈的生產(chǎn)環(huán)境及先進的消毒設備來實現(xiàn)，這個過程應包括從員工進入車間到成品入庫為止的所有各個環(huán)節(jié)。在食品生產(chǎn)鏈中，“微污染”的控制是一個脆弱的環(huán)節(jié)，一旦控制不嚴必將影響食品安全。

一、控制員工的微污染源 
1、控制工人自身新陳代謝物最直接有效的方式為：在生產(chǎn)前換工作鞋、換工作服、戴工作帽、佩一次性口罩，工作衣、帽應穿戴整齊，頭發(fā)不得露在衣帽外面，禁止涂口紅、化妝、噴香水、涂指甲油、佩戴任何飾品、手表等。 
2、進車間前手部徹底消毒，如采用75%醫(yī)用酒精作為消毒介質流程為：“感應給皂機洗手—水龍頭沖洗—感應式烘干—感應式手消毒”；采用其他消毒液作為消毒介質流程為：“感應給皂機洗手—水龍頭沖洗—感應式手消毒—感應式烘干”；建議選擇第一種方式，因為酒精揮發(fā)后手部無任何殘留。以首次手部殺菌后時間計算，建議每隔60-90分鐘對手部消毒一次，阻隔手部細菌的滋生及繁衍。 
3、生產(chǎn)過程中接觸成品的操作必須戴上一次性手套，手套要完整、無破損、不透水，當手被污染后必須按上述洗手消毒程序重新洗手消毒。

二、控制車間空氣中的微污染源 
  1、晚上工人下班后采用靜態(tài)消毒設備，如在包裝、冷卻及灌裝環(huán)節(jié)采用紫外線殺菌對空氣消毒，有效地滅活致病病毒、細菌和原生動物，不產(chǎn)生任何消毒副產(chǎn)物，但紫外線能破壞人體皮膚細胞，嚴重時引起癌變或損傷眼睛。對于配料、半成品車間及成品倉庫建議使用臭氧對空氣消毒，其不但可以抑制物體表面細菌生長且臭氧的氣味可有效驅趕鼠蟲，有效降低生物對食品的危害，需要注意的是無論使用臭氧還是紫外線對人體均有危害，需要在工人下班走清后開啟，上班前關閉，然后開窗通風后工人方可進車間。 

三、控制凈化潔凈室的微污染源 
　　正壓凈化室是目前保證食品加工環(huán)境安全的重要方式之一，由于本身不具備殺菌功能，且只能通過控制塵埃的方式降低微生物含量。只要開機運行，其“微污染源”將逐一顯現(xiàn)，如空調表冷器滋生細菌、管道內壁繁衍細菌、過濾器蔓延細菌等。為避免食品企業(yè)重資金投入無塵潔凈室保證食品生產(chǎn)安全，卻未能完全杜絕“微污染”隱患，對于此： 
　　1、員工之管理，在潔凈室內污染來源80％來自作業(yè)人員，若能使作業(yè)人員依潔凈室管理辦法確實執(zhí)行管理，而所有人員也均配合實施，則污染源的產(chǎn)生可說已減少大半。 
　　2、進入潔凈室員工，必須要具備有達成高潔凈度標準，并要維持最好狀態(tài)的觀念。 
　　3、員工進入潔凈室數(shù)目以維持最小限度為原則（愈小愈好），并須依潔凈室進出標準流程進出潔凈室。出則相反方向進行，唯不須經(jīng)緩沖通道或風淋室脫塵處理。